La programmation de la méthode est prévue sur 32 semaines afin de permettre à l'enseignant de l'adapter et l'ajuster si besoin. Elle prévoit 54 études de graphèmes, entrecoupées de deux phases de révisions par période : une à mi-période et une en fin de période.
Chaque étude de graphème s'organise autour d'un ensemble de séances qui s'articulent entre elles dans l'objectif de lire, écrire et comprendre. Les activités proposées dans les séances sont identiques
à chaque graphème afin de proposer un cadre rassurant à l'élève, qui peut ainsi se dédier pleinement aux objectifs fixés. Chaque graphème est étudié sur deux jours. Les élèves découvrent ainsi 2 graphèmes par semaine. La progression s'accorde avec les recommandations du guide
Pour enseigner la lecture et l'écriture au CP (2018) : l'apprentissage des correspondances graphème-phonème se fait à un rythme rapide, sur un tempo de 15 ou 16 correspondances étudiées sur les neuf premières semaines de CP.
La méthode propose une planification précise des séances pour chaque étude de graphème, présentée dans le tableau ci-dessous. Cette proposition est un exemple d'organisation qui peut être adapté ou modifié par l'enseignant. Afin de faciliter l'adaptation de cette planification aux classes à double niveau, nous précisons dans le tableau les temps d'autonomie possibles. Ils sont indiqués par le signe
.