La cistude d'Europe vit dans des eaux douces plutôt stagnantes et fortement végétalisées : mares, marais, étangs, tourbières, canaux d'irrigation, etc. C'est un animal craintif qui s'enfouit sous l'eau en automne, dans une zone de végétation dense, pour hiberner pendant toute la saison froide. Au printemps et durant l'été, les femelles utilisent le milieu terrestre pour pondre : elles déposent leurs œufs dans un trou creusé dans des zones ouvertes, à la végétation rase, non inondables et bénéficiant d'un fort ensoleillement.
En France, la population de cistudes a fortement diminué au cours des siècles derniers et elle a même disparu de certaines régions. Les causes de cette mortalité sont multiples.

Une équipe de chercheurs français étudie, depuis 1997, deux populations de cistudes d'Europe vivant dans la réserve naturelle de la Tour du Valat, en Camargue. Ces deux populations occupent deux sites proches mais non connectés et présentant un milieu naturel de vie différent pour les tortues : le site d'Esquineau correspond majoritairement à un ensemble de marais permanents ou semi-permanents, alors que le site de Faïsses contient essentiellement des canaux de drainage contenant de l'eau toute l'année.
Pour estimer la taille de ces deux populations, les chercheurs utilisent la technique de capture-marquage-recapture (CMR). Des campagnes de capture et de marquage sont réalisées d'avril à août : des filets semi-immergés permettent de piéger les tortues et de relever leur âge, leur sexe, leur taille ou encore l'état de leur carapace. Le marquage s'effectue par de petites incisions des écailles. Depuis plus de 20 ans, plus de 9 000 captures ont été réalisées, permettant de marquer près de 1 200 cistudes.
Des résultats publiés en 2010 ont montré une baisse de la population de cistudes du site d'Esquineau, en particulier des femelles, entre 2002 et 2006. Les chercheurs y ont identifié plus de femelles présentant des carapaces détériorées par le piétinement des animaux, associées à une surmortalité. Le tableau ci-dessous donne les résultats des estimations de l'abondance des cistudes obtenues par CMR entre 2006 et 2013 :

D'apès Ficheux, et al., Journal for Nature Conservation, 2014.

Sur le site d'Esquineau, de 2002 à 2006, une forte densité d'animaux étaient mis en pâturage (chevaux et bovins). Leur présence peut être bénéfique : en broutant l'herbe, ils créent des espaces ouverts recherchés par les femelles cistudes pour la ponte. Cependant, si le pâturage devient trop intense, on observe des changements défavorables pour les tortues : changement de végétation, augmentation de la température du sol et baisse du nombre de proies. De plus, le piétinement des animaux peut causer des blessures de la carapace des femelles venant pondre ou des jeunes, provoquant une surmortalité. Depuis 2007, les chercheurs ont proposé une nouvelle gestion du site d'Esquineau présentée ci-dessous.