Les frontières du territoire français sont traversées également par des flux illégaux, qui s'inscrivent au sein des flux de la mondialisation, pour un pays bien intégré à la mondialisation et largement ouvert sur l'Europe. S'ils sont, par nature, difficiles à connaître car non enregistrés, on sait qu'ils passent par les principales interfaces du territoire français avec l'espace mondial : grands axes le long des frontières terrestres, mais surtout grands ports (Marseille, Le Havre, Dunkerque) et aéroports internationaux (principalement Roissy-Charles de Gaulle), qui sont régulièrement le cadre de saisies de marchandises interdites (armes, drogue) ou illégalement importées. Les forces de police, de gendarmerie et de douane contrôlent donc tout particulièrement ces points, notamment au contact des frontières avec des pays des Suds, comme aux frontières de la Guyane (avec le Suriname et le Brésil), de Mayotte (avec les Comores) ou des Antilles françaises au contact des Caraïbes.
Ces contacts frontaliers posent plus particulièrement la question des migrations clandestines, lesquelles sont aussi importantes autour de Calais ou de Dunkerque où les migrants attendent une opportunité de passage vers le Royaume-Uni. De nombreux flux illégaux cherchent ainsi à contourner le contrôle frontalier, via des espaces moins fréquentés et surveillés, voire au sein d'environnements difficiles à contrôler (îles, forêt tropicale, haute montagne) comme le long du Maroni en Guyane (trafics de drogue), ou dans les Alpes